A questo fondo sono aggregati gli archivi delle Arti (218 pezzi, dal 1316 al 1873), delle Opere di chiese e conventi (111 pezzi, dal 1401 al 1811), e di alcune famiglie o persone (Baldini, Buonamici, Campani, Martelli, Martini, Mazzoni, Novellucci, Pacini, Vai, Zarini).

La dimensione familiare e privata è documentata da altri archivi pervenuti successivamente, come l'archivio Salvi Cristiani (869 pezzi, dal sec. XV al XIX), l'archivio Vai Guicciardini (1150 pezzi, dal 1510 al 1955, inerenti soprattutto l'amministrazione di proprietà agricole) e le carte di Pietro Cironi (9 pezzi, dal 1799 al 1862).

Il fondo della Casa pia dei Ceppi (3711 pezzi, dal 1282 al 1885) contiene invece gli archivi di due importanti enti di beneficenza: il Ceppo Vecchio, istituito nel 1282 da un lascito "pro remedio anime" di Monte Pugliesi e destinato in particolare a sovvenire la cosiddetta "povertà vergognosa", e il Ceppo Nuovo, sorto nel 1410 dalla volontà testamentaria di Francesco di Marco Datini, che ad esso volle destinato l'intero suo patrimonio e che ha permesso anche l'intatta conservazione del suo archivio.

Dal deposito della Casa pia dei Ceppi proviene infatti anche l' Archivio Datini (1193 pezzi, dal 1361 al 1411), con documenti di data posteriore fino al 1443), testimonianza unica dell'attività mercantile, industriale, bancaria di un mercante della seconda metà del Trecento. I due enti (e quindi i loro archivi) vennero poi riuniti in una medesima istituzione (Ceppi riuniti) dal 1545, per volontà di Cosimo I de' Medici.

A questo ente, per ricchezza e importanza uno dei maggiori della Toscana, venne consegnata, alla fine del XVIII secolo, l'amministrazione del soppresso Patrimonio Ecclesiastico, e con essa tutti gli archivi dei conventi e delle compagnie religiose soppresse da Pietro Leopoldo nel 1783-1784, in seguito alla politica di riforme ecclesiastiche che a Prato conobbe momenti particolarmente intensi e combattuti per la presenza del vescovo riformatore Scipione de' Ricci (3.852 pezzi con atti dal 1309 al 1789, e 87 pergamene dal 1274 al 1682). La gestione e la liquidazione del Patrimonio Ecclesiastico è invece testimoniata dall'archivio dei Resti del Patrimonio Ecclesiastico (279 pezzi, dal 1776 al 1933).