Gli archivi cittadini piu' importanti, frutto di un tessuto di produzione comune e di una comune trasmissione archivistica, vennero riuniti nel 1957 in un unico istituto di conservazione: la "Sottosezione di Archivio di Stato di Prato", istituita in quell'anno e collocata nel palazzo trecentesco un tempo casa di abitazione di Francesco di Marco Datini. Dal 1963 essa si chiamo' "Sezione di Archivio di Stato", dipendente dall'Archivio di Stato di Firenze sulla base della normativa che regola l'organizzazione archivistica italiana e dispone che esista un Archivio di Stato in ogni provincia (D.P.R. 30 sett.1963 n.1409). Con decreto del Ministero per i Beni Culturali e Ambientali del 24 maggio 1997, in seguito all'istituzione della Provincia di Prato, la Sezione e' divenuta Archivio di Stato.

Il patrimonio documentario conservato presso l'Archivio di Stato di Prato documenta tratti rilevanti della storia cittadina, a cominciare dagli aspetti istituzionali del governo locale e della vita associata (Comune, enti di assistenza e beneficenza, enti ecclesiastici, ecc.) per finire alla dimensione familiare e privata (archivi di famiglie e di persone).

Uno dei fondi più importanti è quello del Comune, consistente in 7294 pezzi cronologicamente compresi tra il 1237 e il 1899. Esso conserva sia i documenti tipici dell'attività istituzionale del comune medievale come gli statuti, le deliberazioni (dette anticamente "diurni"), le tratte, le imposizioni fiscali, ecc., che quelli delle comunità in epoca moderna (atti del cancelliere, carteggi con l'autorità centrale, ecc.), nonché le carte delle magistrature giudiziarie (dette podesteria, pretura, vicariato).

Al suo interno si trovano però anche serie che presentano carattere di unicità, come il cosiddetto "stato civile", ovvero la registrazione - in copia dai libri di battezzati tenuti presso l'autorità ecclesiastica - delle nascite dei cittadini pratesi a partire dal 1482 (e delle morti dal 1557), con relativi indici alfabetici.